浄化槽は主に沈殿区、酸素欠乏区、好気区、出水区を調整して構成され、その中の酸素欠乏区と好気区は充填剤を充填し、充填剤に機能微生物を付着させる。（1）沈殿区を調節することは水量変動の調節作用を果たすことができ、そして遮蔽、沈殿作用によって不純物と懸濁物を除去することができる、
（2）酸素欠乏領域は有機物を除去し、逆硝化により脱窒することができる、
（3）好気領域における有機物の更なる除去、硝化によるアンモニア窒素の除去等、
（4）出水区の塩素消毒。